1. Автоматическая система экранирования небезопасных символов.
Выключаем в php.ini:
magic_quotes_gpc Off
или при отсутствии доступа к нему (виртуальный хостинг) строкой в .htaccess:
php_value magic_quotes_gpc Off
2. Автоинициализация переменных из всяких глобальных массивов $_GET, $_POST и пр.
Выключаем в php.ini:
register_globals Off
в .htaccess:
php_value register_globals Off
3. Засилье старых книг по лингвистике и функциональному программированию на языке.
Актуальным материалом можно считать pdf для подготовки к инженерной сертификации (в сети можно найти бесплатно).
В 6-й версии языка первые две проблемы уйдут сами собой.